| kneaddata |
/Scratch/databases/kneaddata |
Elimina contaminación por huésped Homosapiens_hg_39bos_taurus |
| Uniprot(swissprot) |
/Scratch/databases/uniprot |
Información sobre secuencias de proteínas y su función biológica |
| Uniref90 |
/Scratch/databases/MNT/uniref90 |
Agrupación de secuencias de proteínas Uniprot que comparten >=90% de identidad en un solo cluster representativo |
| Cellranger |
/Scratch/databases/cellranger |
Para analizar datos de single cell y RNA-seq (human_GRCH38) |
| Bakta |
/Scratch/databases/bakta_1.11.4 |
Contiene proteínas bacterianas de referencia curadas y desduplicadas |
| Interproscan |
/Scratch/databases/interproscan-5.62-94.0 |
InterProScan toma secuencias proteicas como entrada y las compara contra muchas bases de datos de firmas (familias, dominios, motivos). |
| Kraken |
/Scratch/databases/kraken |
Clasificador taxonómico para datos de secuenciación k2_pluspf_ 16GB (2025)k2_standard_16GB (2025) |
| Kraken |
/Scratch/databases/MY_KRAKEN2_DB |
Clasificador taxonómico para datos de secuenciación |
| Qiime2 (Silva 13.2) |
/Scratch/databases/qiime2 |
Para análisis de microbiomas (16S,18S,ITS) |
| Vibrant |
/Scratch/databases/VIBRANT |
Para identificar y anotar virus(especialmente Bacteriófagos) en metagenomas o genomas ensamblados |
| MOBFinder |
/Scratch/databases/MOBFinder |
Para detectar y clasificar elementos móviles (plásmidos) en genomas bacterianos o contigs |
| MetaPhlAN (2025) |
/Scratch/databases/MNT/metaphlan_2025 |
Perfilador taxonómico para metagenómica shotgun (base de marcadores, genes clado-específicos)
|
| MetaPhlAN (2023) |
/Scratch/databases/MNT/metaphlan4.1.1 |
Perfilador taxonómico para metagenómica shotgun (base de marcadores, genes clado-específicos) |
| MEGARes |
/Scratch/databases/MNT/MEGARES |
Especializada en genes de resistencia a antimicrobianos (AMR) diseñada para análisis de metagenómica |
| Silva (SSURef_NR99_tax_v138.2) |
/Scratch/databases/SILVA |
Especializada en secuencias de ARN ribosomal (rRNA) utilizada ampliamente para la clasificación taxonómica de microorganismos. Inlcuye 16S rRNA(bacterias y arqueas),18S rRNA (eucariotas) |
| Silva (2024 formateada para QIIME) |
/Scratch/databases/MNT/silva |
Especializada en secuencias de ARN ribosomal (rRNA) utilizada ampliamente para la clasificación taxonómica de microorganismos. Inlcuye 16S rRNA(bacterias y arqueas),18S rRNA (eucariotas) |
| IMGT-germline (2022 formateada para blast) |
/Scratch/databases/MNT/germline |
Contiene secuencias génicas originales heredadas (no recombinadas) que dan origen a la diversidad de receptores inmunes. |
| cAb_database |
/Scratch/databases/MNT/germline |
Es un conjunto de datos enfocado en secuencias de anticuerpos (immunoglobulinas) utilizado en el análisis de repertorios inmunes y estudios de diversidad |
| Pfam |
/Scratch/databases/MNT/Pfam |
Agrupa proteínas en familias y dominios funcionales mediante modelos probabilísticos. Organiza proteínas basándose en dominios conservados, que son regiones funcionales y estructurales que se mantienen a lo largo de la evolución.
|
| BMTAGGER |
/Scratch/databases/MNT/BMTAGGER_INDEXB |
BD diseñada para eliminar contaminación del huésped (host) en datos de secuenciación, especialmente en estudios de metagenómica. Identifica y filtra lecturas que provienen del genoma del huésped (por ejemplo humano) para conservar únicamente las secuencias microbianas relevantes |
| Metaxa2 |
/Scratch/databases/MNT/metaxa2 |
Diseñada para identificar y clasificar secuencias de ARN ribosomal (rRNA) en datos metagenómicos, tanto de amplicones como de shotgun sequencing. Metaxa2 detecta fragmentos de rRNA dentro de datasets complejos y los clasifica taxonómicamente |
CheckM |
/Scratch/databases/MNT/MY_CHECKM_FOLDER |
Diseñada para evaluar la calidad de genomas, especialmente genomas ensamblados a partir de metagenómica (MAGS) |
| GRCh38 |
/Scratch/databases/genomes/Human_References |
Versión del genoma de referencia humano, utilizada como estándar para mapear y analizar datos de secuenciación |
| RDP |
/Scratch/databases/MNT/RDP |
Enfocada en la clasificación taxonomica de microorganismos a partir de secuencias de ARN ribosomal (rRNA), especialmente 16S rRNA. Proporciona secuencias curadas de rRNA, siendo una referencia en estudios de microbiomas. |
| EukCC2 |
/Scratch/databases/MNT/eukcc2_db_ver_1.2 |
Para evaluar calidad de genomas eucariotas (MAGS o ensamblajes) |
| CheckV |
/Scratch/databases/MNT/checkv-db-v1.5 |
Para evealuar calidad de genomas virales(metagenómica) |
| VIRSORTER |
/Scratch/databases/MNT/DB_VIRSORTER2 |
Detecta secuencias virales en datos de genómica y metagenómica |
| NCBI Taxonomy database (2024) |
/Scratch/databases/MNT/NCBI_tax |
Contiene la clasificación jerárquica de todos los organismos registrados en NCBI. Es una BD que organiza organismos en una estructura tipo árbol: Dominio -> Filo -> Clase -> Orden -> Familia -> Género -> Especie |
| PHAROKKA |
/Scratch/databases/MNT/dbpharokka |
Diseñada para la anotación rápida y estandarizada de genomas bacteriófagos (phages). |
| CARD database |
/Scratch/databases/MNT/CARD |
Diseñada para estudiar resistencia a antibióticos (AMR). Incluye: Ontologías, tablas de anotación, secuencias, modelos de resistencia,SNPs, Taxonomía y JSON global |
| geNomad Database |
/Scratch/databases/genomand |
Diseñada para detectar virus,plásmidos y elementos móviles en genomas y metagenomas. Clasifica secuencias en Virus, Plásmidos y Cromosoma (Host) |
